Käytettynä ulkomailta tai kotimaasta hankitun lypsyrobotin mukana voi kulkeutua taudinaiheuttajia sisältävää likaa ja lantaa tuotantotiloihin. Tällöin aiheutuu riski tarttuvien tautien (esim. salmonella, paratuberkuloosi, Mycoplasma bovis, virusten aiheuttamat hengitystietulehdus- ja ripulitartunnat, pälvisilsa) leviämisestä karjaan.
Käytetty lypsyrobotti tulee puhdistaa ja desinfioida perusteellisesti sopivassa paikassa ennen kuin se tuodaan tilakeskuksen alueelle. Lypsyrobotti tulee puhdistaa ja desinfioida, vaikka se myytäisiin puhdistettuna. Kesäaikana robotin puhdistus ja desinfiointi voidaan tehdä ulkona päällystetyllä ja viemäröidyllä tai vettä läpäisevällä sorapintaisella alueella. Talviaikana tarvitaan lämmin, viemäröity halli.
Lypsyrobotin ”eläintilan” rakenteet kestävät kosteutta ja ne voidaan pestä ja desinfioida painepesurilla kohtuullisella paineella. Ohjainosassa on elektroniikkaa, joka ei kestä painepesua ja kosteutta. Nämä osat imuroidaan ja/tai pyyhitään puhtaiksi sekä desinfioidaan tarkoitukseen soveltuvalla desinfiointiaineella, joka ei syövytä metalliosia ja sähkölaitteita. Tarkempia ohjeita voi pyytää laitevalmistajan edustajalta.
Lypsyrobotin alaosan rakenteisiin kertyy lantaa ja likaa, joten robotti tulee puhdistaa ja desinfioida huolellisesti myös alapuolelta. Tämän mahdollistamiseksi asetetaan robotti puhtaiden trukkilavojen päälle ja/tai sitä kohotetaan alapuolen pesua varten esimerkiksi traktorin etukuormaimella tai kurottajalla. Kaikki lanta ja lika tulee saada pois.
Aluksi robotti puhdistetaan mekaanisesti irtoavasta liasta ja pölystä. Hankalasti puhdistettavat ja mahdollisesti haurastuneet kumiosat (eläintilan pohjalla oleva kumimatto, nännikumit ja maitoletkut jne.) poistetaan ja vaihdetaan uusiin. Laitteiden suojakoteloita ym. irrotetaan tarvittavilta osin puhdistuksen ja desinfioinnin mahdollistamiseksi.
Kosteutta kestävät osat kostutetaan ensin emäksisellä, desinfioivalla pesuaineella, jonka annetaan vaikuttaa n. 10–15 min. Pesuaineen levityksessä voidaan käyttää vaahdotinta. Tämän jälkeen pestään kosteutta kestävät osat painepesurilla kohtuullisella paineella varoen pesuveden roiskumista kostumiselle herkkiin kohteisiin. Tarvittaessa pesuainekäsittely ja pesu uusitaan. Pesun jälkeen pintojen annetaan kuivua, minkä jälkeen kosteutta kestävät osat sumutetaan vielä kertaalleen tarkoitukseen soveltuvalla desinfiointiaineella (esim. happopohjaiset desinfiointiaineet). Jos desinfioinnissa on käytetty syövyttää ainetta, se huuhdellaan pois haalealla vedellä noin puolen tunnin kuluttua.
Kosteudelle herkät kohteet imuroidaan ja/tai pyyhitään puhtaiksi liasta. Tämän jälkeen ne desinfioidaan sumuttamalla esim. alkoholipitoisella, nopeasti haihtuvalla desinfiointiaineella. Mikäli kosteudelle ja syöpymiselle herkkiä sähkölaitteita ym. ei voida niitä vahingoittamatta puhdistaa ja desinfioida, ne on syytä vaihtaa uusiin.