Haittaeläimet voivat aiheuttaa tuotantoeläimille merkittäviä tautiriskejä. Esimerkiksi huomattavaan osaan tuotantoeläinten salmonellatartunnoista on viime vuosina liittynyt jonkinasteinen haittaeläinongelma tilalla. 
ETT on julkaissut oppaat nauta-, sika- ja siipikarjatiloille haittaeläinten torjuntaan. Oppaissa on kuvattu tiloilla yleisimmin esiintyvät haittaeläimet – jyrsijät, luonnonvaraiset linnut, hyönteiset ja punkit – sekä niiden aiheuttamat tautiriskit. Haittaeläinten aiheuttamien riskien hallintaan kuuluva ennakoiva suojautuminen, seuranta ja torjuntatoimet haittaeläimiä havaittaessa on käsitelty oppaissa eläinlajikohtaisesti. Oppaissa on ohjeita myös kirjallisen haittaeläinten torjuntasuunnitelman laatimiseen.
Haittaeläimiltä suojautuminen nauta-, sika- ja siipikarjatiloilla